La Institución Educativa San Luis Gonzaga presta sus servicios educativos aproximadamente a partir del año 1930, que se inicia con la denominación de Centro Escolar Nº 745 de San Jerónimo; en el año de 1958 cambia de modalidad a Instituto Experimental Nº 04, del Nivel Primaria en la que se imparte una educación orientada a la tecnología de crianza de animales menores, huertos, apicultura, etc. basada en la investigación científica.
El 26 de mayo del año de 1970 por R.M. Nº 1005, cambia nuevamente de modalidad, con la denominación de Escuela Estatal Mixta Nº 51023 del Nivel de Educación Primaria. El 12 de enero del año 1999 se expide por la Dirección Regional de Educación la Resolución Directoral Nº 0034, en mérito al cual lleva el nombre de Escuela Estatal Mixta Nº 51023 - San Luís Gonzaga, en honor a nuestro Santo Patrón, que con su santidad ilumina y orienta los destinos de nuestra niñez y juventud estudiantil.
El mes de abril del año 2003, se crea el Nivel de Educación Secundaria, con dos secciones de Primer Grado, en mérito a la ampliación aprobada por Resolución Directoral Nº 4402, cuando por entonces la Dirección Regional de Educación estaba a cargo de la Licenciada en Educación, Marina Puma Puma, gracias a la gestión del Director de la Institución Educativa, Profesor Ever Dalguerre Castro, con el apoyo del entonces Alcalde del Distrito de San Jerónimo, Ing. Policarpo Corimanya Zúñiga, el Presidente de la APAFA, señor Paulino Huamán, docentes y padres de familia, haciéndose realidad una ilusión de padres y docentes, dando solución a la creciente demanda de estudiantes del contexto.
El año 2007 egresa la primera Promoción del Nivel de Educación Secundaria, con más de 50 alumnos, que para el orgullo nuestro, una mayoría de ellos continúan sus estudios superiores en las universidades e Institutos Superiores de nuestra ciudad y del Perú.
En el año 2008 se institucionalizó el festival folklórico de danzas gonzaguinas, gracias a la participación de la Dirección, plana docente, padres de familia y alumnado en general, promoviendo de esta manera la formación artística e identidad, revalorando nuestras costumbres de la localidad y la región.
Actualmente, la Institución Educativa viene brindando una educación acorde a los avances científicos tecnológicos, con profesores capacitados por los programas desarrollados por el Ministerio de Educación como PLANCAD, PRONACAP, EBI y otros, permitiendo ser reconocidos por la población jeronimiana.